Current Issues

CoVarScan, Rapid Test untuk Identifikasi Varian Covid-19 Secara Cepat

Dwiwa

Posted on July 7th 2022

Para ilmuwan tengah mengembangkan alat rapid test Covid-19 yang bisa mengidentifikasi berbagai varian virus Corona secara cepat. Dilansir dari Medical Xpress, alat yang diberi nama CoVarScan ini telah diuji pada lebih dari 4 ribu sampel pasien yang dikumpulkan di UT Southwestern.

Dalam laporan studi di jurnal Clinical Chemistry, para peneliti melaporkan jika pengujian mereka seakurat metode lain yang digunakan untuk mendiagnosis Covid-19 dan berhasil membedakan antara semua varian SARS-CoV-2 saat ini.

"Dengan menggunakan tes ini, kami dapat menentukan dengan sangat cepat varian apa yang ada di komunitas dan apakah varian baru muncul," kata ahli patologi Jeffrey SoRelle, M.D, Asisten Profesor Patologi dan penulis senior studi tersebut. "Ini juga memiliki implikasi bagi masing-masing pasien ketika kita berurusan dengan varian yang merespons perawatan secara berbeda."

Hasil pengujian di UT Southwestern's Once Upon a Time Human Genomics Center telah membantu para pemimpin kesehatan masyarakat melacak penyebaran Covid-19 di Texas Utara dan membuat keputusan kebijakan berdasarkan prevalensi varian. Dokter juga telah menggunakan hasilnya untuk memilih antibodi monoklonal yang lebih efektif melawan jenis tertentu yang menginfeksi pasien Covid-19 yang sakit kritis.

Meskipun ada berbagai tes lain untuk Covid-19, mereka umumnya mendeteksi fragmen materi genetik SARS-CoV-2 atau molekul kecil yang ditemukan di permukaan virus. Pengujian tersebut juga tidak memberikan informasi untuk mengidentifikasi variannya.

Selain itu, banyak peneliti khawatir bahwa tes ini tidak akurat dalam mendeteksi beberapa varian - atau mungkin melewatkan strain di masa depan. Untuk menentukan varian Covid-19 yang dimiliki pasien, para ilmuwan biasanya harus menggunakan pengurutan seluruh genom. Cara ini memakan waktu dan mahal, mengandalkan peralatan dan analisis canggih untuk menguraikan seluruh rangkaian RNA yang terkandung dalam virus.

Pada awal 2021, dr. SoRelle dan rekan-rekannya di UT Southwestern ingin melacak seberapa baik tes saat ini mendeteksi varian SARS-CoV-2 yang muncul. Tetapi mereka menyadari bahwa mengurutkan banyak spesimen tidak akan tepat waktu atau hemat biaya sehingga kemudian merancang pengujian sendiri.

CoVarScan mendeteksi delapan wilayah SARS-CoV-2 yang umumnya berbeda antara varian virus. Ini mendeteksi mutasi kecil dan mengukur panjang daerah genetik berulang yang cenderung tumbuh dan menyusut saat virus berevolusi.

Metode ini bergantung pada reaksi berantai polimerase (PCR)- teknik yang umum di sebagian besar laboratorium patologi - untuk menyalin dan mengukur RNA di delapan tempat tersebut.

Alat ini diuji pada lebih dari 4 ribu sampel pasien Covid-19 yang dikumpulkan di UT Southwestern dari April 2021 hingga Februari 2022, pada orang bergejala dan tidak. Tes divalidasi dengan gold standard sekuensing seluruh genom, dan hasilnya digunakan oleh dokter untuk memilih perawatan pada beberapa pasien COVID-19 yang sakit kritis.

Dibandingkan dengan pengurutan seluruh genom, CoVarScan memiliki sensitivitas 96 persen dan spesifisitas 99 persen. Ini mengidentifikasi dan membedakan varian Delta, Mu, Lambda, dan Omicron dari Covid-19, termasuk versi BA.2 dari Omicron, yang dulu dikenal sebagai "stealth Omicron" karena tidak muncul pada beberapa tes yang dirancang untuk mendeteksi hanya strain Omicron .

SoRelle mengatakan jika ada varian baru, CoVarScan bisa dengan cepat melakukan penyesuaian.

"Di masa depan, jika kami perlu menyesuaikannya, kami dapat dengan mudah menambahkan sebanyak 20 atau 30 hotspot tambahan untuk pengujian,” ujarnya.(*)

Ilustrasi: Pixabay

Artikel Terkait
Current Issues
Diklaim Seakurat PCR, Alat Tes Covid-19 Ini Beri Hasil Dalam Satu Jam

Current Issues
Mengapa Hasil Negatif Tes Covid-19 Membuat Kita Merasa Sembuh dari Gejala?

Current Issues
Ini Tanda-tanda Subvarian Omicron BA.2 Bisa Picu Sakit Lebih Parah